پایه‌ی فتوشاپ به طور کامل بر اساس لایه‌ها و پشته‌ی لایه‌ها ایجاد شده است. هر کاری که در فتوشاپ انجام می‌دهید در قالب یک لایه انجام می‌شود. تمام لایه‌های هر سند بر روی یکدیگر قرار گرفته‌اند و آن سند را شکل داده‌اند. هر چیزی که در بالاترین لایه قرار داشته باشد بر روی لایه‌های زیرینش در سند نمایش داده می‌شود.
ساده‌ترین راه برای درک این مساله این است که فرض کنید در حال ساخت یک کلاژ هستید. ابتدا یک تصویر سفید قرار می‌دهید، تعدادی تصویر را از مجله‌های مختلف بریده و بر روی آن می‌چسبانید. ممکن است یک ماژیک نیز به دست گرفته و بر روی آن‌ها چیزی را بنویسید. تمام مواد استفاده شده در ساخت این کلاژ به صورت فیزیکی لایه‌بندی شده‌اند. می‌توانید یک تصویر را از زیر برداشته و به روی بقیه تصاویر بیاورید، یا ممکن است چیزی را از بالای تصاویر برداشته و در زیر همه قرار دهید. تنها تفاوتی که در فتوشاپ وجود دارد این است که لایه‌های موجود در فتوشاپ دیجیتال هستند.
پس از این که مفهوم کلی لایه را درک کنید، کار با آن‌ها برایتان بسیار ساده خواهد شد. از مثال‌ها دور می‌شویم و به یک سند فتوشاپ نگاهی می‌اندازیم.
سند جدیدی که در تصویر بالا مشاهده می‌کنید تنها یک لایه دارد که تماما با رنگ سفید پر شده است. این لایه در تمامی سندهای جدید اضافه می‌شود. برای اضافه کردن یک لایه‌ی جدید در سند خود بر روی گزینه‌ی «New Layer» کلیک کرده یا کلیدهای «Ctrl + Shift + N» را فشار دهید (کاربران مک باید از کلید Command به جای Ctrl استفاده کنند).
در تصویر زیر مشاهده می‌کنید که یک لایه‌ی جدید به سند خود اضافه کرده‌ایم و این لایه شامل یک مربع مشکی می‌شود.
در فتوشاپ هر لایه به صورت مجزا عمل می‌کند. تصویر نهایی در واقع مجموعه‌ای از تمامی لایه‌ها در کنار یکدیگر است. علامت چشم کوچکی که در کنار هر لایه وجود دارد مشخص می‌کند که آیا لایه قابل رویت است یا خیر. برای خاموش یا روشن کردن هر لایه می‌توانید بر روی این علامت چشم کلیک کنید. در تصویر زیر مشاهده می‌کنید که لایه‌ای که نام آن «Layer 0» است را مخفی کرده‌ایم و دیگر پس‌زمینه‌ی سفیدی وجود ندارد.
الگوی شطرنجی که در تصویر بالا مشاهده می‌کنید روش فتوشاپ است که به ما بگوید یک ناحیه کاملا خالی است. یک لایه‌ی سفید توسط پیکسل‌ها پر شده است. با این که شاید به نظر ما خالی باشد، ولی در حقیقت این گونه نیست. در حال حاضر به غیر از مربع مشکی چیز دیگری در لایه‌ی دوم وجود ندارد. اگر این تصویر را در قالب یک تصویر که از پس‌زمینه‌ی شفاف پشتیبانی می‌کند (نظیر PNG) ذخیره کنیم، نواحی شطرنجی کاملا شفاف و خالی خواهند بود.
حال یک لایه‌ی سوم به سند خود اضافه می‌کنیم و یک دایره‌ی صورتی در آن قرار می‌دهیم. مشاهده می‌کنید که این دایره در بالای پشته‌ی لایه‌های ما قرار دارد، در نتیجه بر روی مربع و پس‌زمینه‌ی سفید قرار می‌گیرد.
زمانی که این لایه را در زیر لایه‌ی مربع مشکی قرار دهیم، محتوای آن لایه دایره‌ی ما را می‌پوشاند. هر لایه‌ای که در بالا قرار داشته باشد، در بالا نیز نمایش داده می‌شود، حتی اگر باعث پوشیده شدن محتوای لایه‌ی زیرین خود شود. برای جابه‌جایی لایه‌ها می‌توانید آن‌ها در پشته به کمک ماوس کشیده و ترتیب آن‌ها را تغییر دهید.
گاهی اوقات لایه‌ها نه کاملا قابل رویت هستند و نه کاملا مخفی؛ بلکه شفاف هستند. در فتوشاپ می‌توانید مقدار تیرگی هر لایه را بین %0 تا %100 تغییر دهید. برای مثال تصویر زیر را مشاهده کنید که چگونه تیرگی آن تغییر می‌کند. فتوشاپ اطلاعات لایه‌های قابل رویت را گرفته و نتیجه را نمایش می‌دهد. زمانی که مقدار را بر روی «%50» قرار می‌دهیم اطلاعات هر دو لایه‌های دایره‌ی صورتی و مربع مشکی با یکدیگر ترکیب شده و شفافیت لایه را به وجود می‌آورند.
برای تنظیم تیرگی یک لایه می‌توانید مقدار «Opacity» را بین صفر تا صد تغییر دهید یا با استفاده از نوار مربوط مقدار مورد نظر خود را برگزینید.
لایه‌ها به تنهایی کار زیادی نمی‌توانند انجام دهند. کم پیش می‌آید که کل نیاز شما به چیدن چند لایه بر روی یکدیگر ختم شود. معمولا بخش‌های مختلف لایه‌های متفاوت با یکدیگر ترکیب شده و تصویر نهایی را شکل می‌دهند. ماسک لایه‌ها در اینجا کاربرد خود را نشان می‌دهد.
یک ماسک لایه می‌تواند نمایش یا عدم نمایش بخش‌های مختلف هر لایه را مشخص کند. هر ماسک لایه تنها لایه‌ای را تحت تاثیر قرار می‌دهد که به آن متصل شده است. بخش‌هایی از لایه‌ی ماسک که رنگ مشکی داشته باشند، بخش‌های مشابه در لایه‌ی اصلی را مخفی می‌کنند و بخش‌های سفید در لایه‌ی ماسک نیز بخش‌های مشابه در لایه‌ی اصلی را نمایش می‌دهد. تنها باید به یاد داشته باشید که رنگ سفید نمایش‌دهنده و رنگ مشکی مخفی‌کننده است.
برای ایجاد یک ماسک لایه‌ی جدید، لایه‌ی مورد نظر را انتخاب کرده و بر روی گزینه‌ی «Add Layer Mask» کلیک کنید. به طور پیشفرض تمام ماسک با رنگ سفید پر شده است. اگر می‌خواهید از ابتدا رنگ مشکی داشته باشد (لایه را مخفی کند)، قبل از انتخاب گزینه‌ی «Add Layer Mask» کلید «Alt» (کلید Option در مک) را نگه دارید.
